Kemudian, ia kembali terpilih untuk memimpin partai tersebut pada periode kedua, 2011–2015.
Pada tahun 2009, SBY kembali mempercayainya untuk duduk di Kabinet Indonesia Bersatu II sebagai Menteri Agama, posisi yang diembannya hingga tahun 2014.***
Kemudian, ia kembali terpilih untuk memimpin partai tersebut pada periode kedua, 2011–2015.
Pada tahun 2009, SBY kembali mempercayainya untuk duduk di Kabinet Indonesia Bersatu II sebagai Menteri Agama, posisi yang diembannya hingga tahun 2014.***