Dalam karier militernya, Agus Subiyanto mengawali sebagai Kasi Ops Sektor A di Timor Timur. Setelah itu, ia kembali ke satuannya dan menjabat sebagai Komandan Batalion 22 Grup 2 Kopassus dan Kepala Penerangan Kopassus.
Dalam karier militernya, Agus Subiyanto mengawali sebagai Kasi Ops Sektor A di Timor Timur. Setelah itu, ia kembali ke satuannya dan menjabat sebagai Komandan Batalion 22 Grup 2 Kopassus dan Kepala Penerangan Kopassus.