Museum Sri Baduga memiliki koleksi yang sangat beragam, mencakup berbagai jenis artefak, lukisan, dan benda-benda bersejarah.
Hingga tahun 2017, museum ini telah menghimpun 6.979 buah koleksi yang dikelompokkan ke dalam 10 klasifikasi, yaitu:
1. Geologika/Geografika: Koleksi ini mencakup benda-benda yang berkaitan dengan ilmu geologi dan geografi, seperti batuan, mineral, dan peta-peta kuno.
2. Biologika: Koleksi ini mencakup benda-benda yang berhubungan dengan ilmu biologi, seperti spesimen tumbuhan dan hewan.
3. Etnografika: Koleksi ini mencerminkan kebudayaan dan kehidupan masyarakat Sunda, termasuk pakaian tradisional, alat musik, dan kerajinan tangan.
4. Arkeologika: Koleksi ini terdiri dari benda-benda peninggalan arkeologi, seperti alat-alat batu, tembikar, dan artefak prasejarah.
5. Historika: Koleksi ini mencakup benda-benda bersejarah yang berkaitan dengan perjalanan sejarah Jawa Barat, seperti dokumen dan foto-foto lama.
6. Numismatika/Heraldika: Koleksi ini mencakup mata uang, medali, dan lambang-lambang heraldik.
7. Filologika: Koleksi ini terdiri dari naskah-naskah kuno dan literatur penting dalam sejarah Jawa Barat.
8. Seni Rupa: Koleksi ini mencakup lukisan, patung, dan karya seni lainnya.
9. Keramologika: Koleksi ini terdiri dari keramik dan barang-barang tembikar.
10. Teknologika: Koleksi ini mencakup benda-benda yang berkaitan dengan perkembangan teknologi, seperti alat-alat tradisional dan mesin-mesin kuno.